Zona (Strefa), czyli obszar 30km kwadratowych wokół elektrowni czarnobylskiej starano się odwzorować w grze jak najdokładniej. Naturalnie, z prawdziwą Strefą obszar gry nie ma aż tak dużo wspólnego, ale wiele miejsc jest wzorowanych na podstawie rzeczywistych.

Bagna (z ang. Swamps) – pierwsza nowa mapa, którą możemy podziwiać już na samym początku. Jest tutaj baza frakcji Czyste Niebo, w której zaczynamy, opuszczona cerkiew wraz z niewielkim cmentarzykiem, nieczynna stacja pomp i wiele spalonych gospodarstw. Można dostać się stąd do Kordonu (wschód mapy) oraz obszaru Instytutu Agroprom (północ). Poziom ten częściowo jest oparty na lokacji z alfy, jednak został znacznie rozbudowany i przebudowany.

Kordon (z ang. Cordon) – w tej części gry to główne miejsce stacjonowania wojska. Przy południowym przejściu z bagien czatuje na nas stacjonarny karabin maszynowy PKM. Prócz tego w starym kołchozie za nasypem kolejowym jest urządzona baza wolnych stalkerów. Jest też również znany z poprzedniej części bunkier handlarza Sidorowicza i kilka innych zabudowań. W stosunku do poprzedniej części dodano kilka barykad (przydatne w wojnach frakcji) oraz wielką anomalię przestrzenną nad nasypem kolejowym. Można się stąd dostać na wysypisko oraz na bagna, jak również do Doliny Mroku.

Wysypisko (z ang. Garbage) – kolejna lokacja znana z poprzednika. Nie zmieniła się za wiele, zasadniczą zmianą jest fakt zajęcia przez frakcję bandytów składu kolejowego w centrum mapy. Prócz tego jest tu tzw „pchli targ”, gdzie można pohandlować z zastraszonymi samotnikami. Również ta lokacja nie zmieniła się w dużym stopniu. Można stąd dostać się do Kordonu, jak również do Agropromu i Doliny Mroku.

Dolina Mroku (z ang. Dark Valley) – miejsce to tym razem jest bazą frakcji Wolność. Na północy jest zajęta przez nią duża fabryka oraz mniejsza na wschodzie. Na południu zaś istnieje stara chlewnia. Można stąd przejść do Kordonu i na Wysypisko.

Instytut Agroprom (z ang. Agroprom) – znajdują się tu 2 obszary zabudowań. W centrum jest niewielka baza wolnych stalkerów, notorycznie atakowana przez bandytów. Z kolei na południowym wschodzie mamy bazę Powinności. Idąć na północ, przez niewielkie bagno można dojść nad jezioro Jantar, również stąd można wrócić na Wysypisko, zaś od południa istnieją przejścia na bagna. Znajduje się tu również przejście do podziemi, które odwiedzamy pomagając Powinności z plagą mutantów w okolicy.

Podziemia Agropromu (z ang. Agroprom Underground) – tym razem składają się z dwóch poziomów. Pierwszy polega na zalaniu tego miejsca i ucieczce na poziom następny, gdzie odwiedzamy stary fragment poziomu, by w ostateczności wydostać się na powierzchnię.

Jantar – wyschnięte jezioro, w którym stoi bunkier naukowców badających to miejsce. Pohandlować można tu z profesorem Sacharowem, ponadto jest tu emiter fal psionicznych ulokowany w kompleksie fabrycznym w północnej części mapy. Na tym obszarze pełno jest stalkerów – zombie.

Czerwony Las (z ang. Red Forest) – poziom stworzony od nowa i zastępujący wersję z poprzedniej części gry. Znacznie bardziej klimatyczny, teraz faktycznie mamy tutaj niemały las pełen niebezpieczeństw. Można tu znaleźć opuszczoną, nawiedzoną kopalnię, pełną bandytów, a gdzieś w lesie jest zniszczony czołg z wiszącą nad nim anomalią przestrzenną. Chodzenie po lesie jest dość niebezpieczne z powodu wszechobecnych pijawek. Mieszka tutaj Leśnik – jeden z niewielu ludzi, którzy postanowili wrócić do swoich domów po katastrofie w 1986 roku. Poza tym jest tu most prowadzący do Limańska, jak również ścieżka prowadząca na teren Magazynów Wojskowych.

Magazyny Wojskowe ( z ang. Military Warehouses) – dość spory teren, pełen opuszczonych gospodarstw. Jest tu wioska, którą nazwano wioską pijawek, gdyż grasuje ich tam niemało. Prócz tego jest tu spora opuszczona baza wojskowa. Da się tutaj natrafić również na pierwsze niewielkie oddziały frakcji Monolit, a konfrontacja z nimi to niemałe wyzwanie.

Limańsk – w tej części gry zastąpił Prypeć, która została wycięta z gry. Gdy się tu dostajemy, miasto jest areną walk między bandytami, Monolitem i Czystym Niebem. Sporo tu anomalii przestrzennych, da się zauważyć sporą antenę nawiązującą do legendarnego „Oka Moskwy”, które w rzeczywistości było (najprawdopodobniej) radarem zbudowanym przez ZSRR. Na mapie jest też duży plac budowy, przez który można przejść, dostając się do zawalonego szpitala. PS. Od wkroczenia na teren Limańska nie ma już możliwości powrotu!

Szpital – zawalony szpital znajdujący się na kompletnym odludziu między Limańskiem, a Czarnobylską Elektrownią Atomową okazuje się nie być wcale opuszczonym – pełno tutaj wojsk Monolitu. Etap bardzo krótki, ledwie kilka minut gry, po których przechodzimy na etap końcowy, jakim jest Elektrownia.

Czarnobylska Elektrownia Atomowa (z ang. Chernobyl Nuclear Power Plant) – znacznie skrócono ten etap w stosunku do poprzedniej części gry. Spędzamy tutaj kilka minut i w ogniu walki naprawdę nie ma czasu na podziwianie dokładnie odwzorowanego obszaru elektrowni, a szkoda, bo jest na co popatrzeć. Tutaj następuje zakończenie rozgrywki.