Lebiediew – przywódca tytułowej frakcji Czyste Niebo, to on przedstawia nam całą sytuację, w jakiej mieliśmy (nie)przyjemność się znaleźć. Pomaga nam w wypełnieniu głównego wątku, podając nam kolejne cele.

Profesor Tyczkow – to właśnie on bada nas po tym, jak zostaliśmy znalezieni przez członków Czystego Nieba. Osoba ta pomoże nam wyjaśnić, jakim cudem przeżyliśmy zwarcie i zna kilka racjonalnych odpowiedzi na zagadnienia dotyczące Zony.

Striełok – tak, jak i w poprzedniej części, tak i teraz jest to nasz główny wróg. Naszym celem jest powstrzymanie go oraz jego pobratymców przed dostaniem się do Czarnobylskiej Elektrowni Atomowej.

Sidorowicz – stary handlarz, znany nam jeszcze z poprzedniej części gry, teraz dopiero niedawno wprowadził się do swojego bunkra, jednak nadal jest jedną z najbardziej wpływowych osób w tej części Zony. Zleca nam pewne nietypowe i z pozoru skomplikowane zlecenie w zamian za informacje, jakich potrzebujemy.

Ojciec Walerian – wbrew pozorom nie jest on duchownym, ani niczym z tych rzeczy. Przywódca grupy Wolnych Stalkerów zleca nam niejedno zadanie. Można go znaleźć – jak się można domyślić – w ich bazie, urządzonej w starych budynkach gospodarczych pamiętających jeszcze czasy świetności ZSRR.

Joga – szef bandytów, władca wysypiska, rezydujący w składzie kolejowym w centrum mapy. Człowiek odpowiedzialny za wymuszenia i haracze wyzyskiwane ze stalkerów – kopaczy, którzy szukają wartościowych rzeczy w wielkich hałdach złomu. Nie da sobie podskoczyć, żeby z nim zadrzeć trzeba mieć jaja ze stali, tak jak on.

Czechow – przywódca i jeden z założycieli frakcji Wolność. Ma swą kwaterkę w pomieszczeniach biurowych na piętrze opuszczonej hali fabrycznej w zabudowaniach zajętych przez frakcję w Dolinie Mroku. Będzie nas potrzebował, jak również my jego na drodze do Centrum Zony.

Generał Kryłow – przywódca Powinności, który szczerze nienawidząc Zony postawił sobie za najwyższy cel walkę z nią. Jego frakcja ma dobre stosunki z wojskiem, jednak on sam ma do nich uraz, gdyż służył w Zonie i widział jej okropieństwa. Niewiele wiemy o jego przeszłości, można jednak domyślać się, że był członkiem grupy wojska, której nie powiodła się misja w Zonie i utknęli tu, zakładając frakcję.

Profesor Sacharow – ekolog siedzi sobie w swoim opancerzonym bunkrze w wyschniętym jeziorze Jantar, gdzie przeprowadza liczne badania. Chętnie również z nami pohandluje, jak i zleci kilka zadań.

Leśnik – jeden z niewielu śmiałków, którzy odmówili wzięcia udziału w ewakuacji po wypadku z 1986. Stary dziadek, mieszka w swojej chacie w pobliżu Czerwonego Lasu. Ze względu na ponad 30 lat spędzonych w Zonie, człowiek ten zna na wylot każdy jej zakamarek, co może okazać się pomocne.